Quando a Microsoft anunciou o Server Core sem o Framework levei um susto, mas pensei, já já eles mudam de idéia. Portanto, a Microsoft anunciou que no Windows 2008 R2, na versão Server Core, terá suporte ao .NET Framework.
Maiores informações e Fonte: http://blogs.technet.com/dbordini/archive/2008/11/17/server-core-vai-suportar-net-framework.aspx